そもそも

.block {
	position: absolute;
	width: 200px;
	height: 100px;
	background-color:red;
	z-index: 0;
}
.block2 {
	position: relative;
	float: left;
	width: 200px;
	height: 50px;
	background-color:blue;
	z-index: 1;
}
.block3 {
	position: absolute;
	top: 50px;
	left: 150px;
	width: 20px;
	height: 20px;
	background-color:green;
	z-index: 2;
}

なにがやりたかったか、っていうと、複数ページに共通する部分があって、それがこの場合block3で。その上の要素には影響されずに配置したい、って時にこういう書き方をしたわけ。そしたらIEだとぶっ飛んだ、と。